一方が他方からタイムスタンプを保持してコピーされた（たとえば「cp -pR」で）大きな2つのディレクトリ構造を比較するとき、サイズとタイムスタンプが同じ2つのファイルは内容も同じと仮定するよう diff に指示するオプションがあれば、性能を大幅に改善できます。diff の性能上のトレードオフを参照してください。
diff