従来の Unix の diff3 は、変更を保存する末尾の「w」「q」コマンドを含めずに ed スクリプトを生成します。System V の diff3 はこれらの追加コマンドを生成します。GNU diff3 は通常、従来の Unix の diff3 と同様に動作しますが、-i オプションを指定すると System V の diff3 と同様に「w」「q」コマンドを追加します。
-i オプションには、ed スクリプトのオプション -AeExX3 のいずれかが必要で、マージ済み出力のオプション -m とは併用できません。